Er is sprake van een voedselallergie als het afweersysteem reageert op inname van bepaald voedsel. Als voorbeeld kunnen koemelkeiwitten als lichaamsvreemd worden gezien waarna in het lichaam een allergische reactie plaats vindt. Voedselallergenen zijn eiwitten in onze voeding die in staat zijn een allergische reactie op te roepen.

Voedselallergie komt  bij baby's en jonge kinderen regelmatig voor, vaak als het gevolg van een koemelkeiwitallergie.

85% van alle allergische klachten bij zuigelingen en peuters heeft waarschijnlijk te maken met voeding. Inhalatie allergenen gaan meestal wat later een rol spelen als je kind wat ouder is.

Allergieën kunnen zich op alle leeftijden ontwikkelen, maar met name baby's in het eerste levensjaar zijn kwetsbaar. Veelal krijgen baby's tussen het tweede en zesde levensmaand voor het eerst allergische klachten. Vaak gebeurt dit bij de overgang van borstvoeding op flesvoeding of tijdens het begin van de bijvoeding.

Bij zuigelingen is het maagdarmkanaal nog niet helemaal goed ontwikkeld en minder in staat om goed eiwitten te verteren. Het slijmvlies van het maagdarmkanaal heeft bijna twee jaar nodig om volledig te rijpen. In deze periode laat het slijmvlies onverteerde eiwitten nog gemakkelijk passeren. Deze eiwitten komen dan rechtstreeks in het lichaam. 
Ook als het dunnedarmslijmvlies beschadigd is (ontsteking), kunnen langere eiwitstukken het darmslijmvlies passeren.

Bij baby's en kinderen met een allergie werkt het afweersysteem te heftig op sommige onverteerde eiwitten die het slijmvlies gepasseerd zijn. Het gaat dan om stoffen die eigenlijk ongevaarlijk zijn. 
Normaal gesproken beschermt het afweersysteem ons tegen ongewenste indringers zoals ziekteverwekkende bacteriën en virussen. Baby's kunnen op deze eiwitten reageren met een allergische (immunologische) reactie.
Voor sensibilisatie  tegen een allergeen is maar een kleine hoeveelheid nodig. Een baby kan daardoor ook via borstvoeding bijvoorbeeld een koemelk-allergie ontwikkelen. Wanneer na sensibilisatie opnieuw contact plaatsvindt, ontstaan klachten door activering van de mestcellen.

Het gaat dan om bijvoorbeeld eiwitten die voorkomen in koemelk, kippenei, noten, vis en soja.

De eiwitten waar iemand iemand allergisch voor is, worden allergenen genoemd. Bij voedselallergie beschouwt het lichaam deze allergenen als ziekmakende indringers die met antistoffen moeten worden uitgeschakeld. 

De antistoffen zorgen voor een allergische reactie in de vorm van bijvoorbeeld huidreacties (eczeem), jeuk, krampen, kolieken, ontroostbaar huilen, spugen, diarree, verstopping, luchtwegklachten zoals benauwdheid of neusverkoudheid en ontstekingen van oog- en neusslijmvlies. 

Deze reactie kan vrij direct nadat je kind iets gegeten heeft optreden. Maar het kan ook dat dit pas uren of zelfs dagen later gebeurt.

Bij voedselallergie speelt vooral het immunoglobuline E (IgE) een belangrijke rol.  Daarom wordt  de allergische reactie die plaats vindt bij voedselallergie ook wel een IgE-gemedieerde reactie genoemd. Voedingsmiddelen zoals koemelk, soja, pinda, kippenei en noten kunnen een IgE-gemedieerde reactie uitlokken. 
Niet altijd speelt bij een allergische reactie op voedsel IgE een rol. In dit geval spreekt men van een niet IgE-gemedieerde reactie.

Belangrijke adressen die je kunnen helpen met informatie en folders over voedselallergie zoals het Voedingscentrum en Stichting Voedselallergie zijn te vinden bij LINKS.